蠕動泵引起這種現象的主要原因是系統內存在氣泡。此時需要仔細檢查輸液管與泵頭下閥是否擰緊，四氟管有無裂紋等，因為液體在流動時，在流經處產生微小的負壓，空氣會進入系統。當檢查完確認以后，將放空閥逆時針旋轉一圈左右后，用手按住運行鍵，此時，
蠕動泵以最高的流速從排空閥流出，氣泡隨之流出。當泵頭經過清洗后，或者更換流動相時，必須要經過這一相操作。此法效果不佳時，可以將主泵頭上閥的壓帽松開一點（約三分之一圈左右）存在單向閥內的氣泡就可以排除。
當儀器是新購買或較長時間沒有使用，有時也會出現此類現象，當確認輸液管一切正常時，上述情況也操作過時，效果仍不佳，讓泵運轉一段時間，也可以達到目的。這是因為寶石閥球、座表面沒有充分的被流動相全部浸潤，在吸液、排液過程中密封不嚴，產生倒流現象引起壓力、流量不穩定。對流動相而言，要求充分脫氣（超聲波），最好現用現脫氣，不要放置時間過長，否則空氣會慢慢的溶解進去。裝流動相的瓶子不要受太陽光線的直射，最好放在高一點的地方（高于泵的位置）這樣一但有氣泡很難進入系統中去（氣泡上升）。
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